In Men in Black 3, zien we de agenten J [Will Smith] en K [Tommy Lee Jones] weer terug.in de tijd. In de 15 jaar dat hij voor MIB werkt, heeft agent J talloze onverklaarbare dingen gezien. Maar er is één ding wat hem echt versteld doet staan en dat is zijn verzuurde en gesloten partner. Als het leven van agent K en het lot van de aarde op het spel komen te staan, moet agent J een tijdreis maken om alles recht te zetten. Hij maakt kennis met de jonge agent K [Josh Brolin] en samen met hem moet agent J alles op alles zetten om zijn partner, MIB en de mensheid van de ondergang te redden.