Hitman: Agent 47 gaat over een genetisch gemodificeerde huurmoordenaar. Deze perfecte moordmachine is vernoemd naar de laatste twee cijfers van een in zijn nek getatoeëerde barcode en is het resultaat van tientallen jaren onderzoek en 46 prototypes. Dat heeft ertoe geleid dat 47 over ongekende kracht, snelheid, uithoudingsvermogen en intelligentie beschikt. Zijn nieuwste doelwit is een mega-bedrijf dat het geheime verleden van Agent 47 wil achterhalen, om zo een leger van nog betere moordenaars te creëren. Samen met een jonge vrouw, die misschien in staat is hun machtige en geheime tegenstanders te verslaan, wordt 47 geconfronteerd met zijn verbijsterende afkomst en begint hij een episch gevecht tegen zijn dodelijkste vijand.