Tien jaar na de invasie van Naboo is Anakin Skywalker, ondertussen twintig jaar oud, de leerling van Jedi-ridder Obi-Wan Kenobi. Terwijl het sterrenstelsel op de rand van een burgeroorlog staat, wordt er een aanslag gepleegd op het leven van senator Padmé Amidala, de voormalige koningin van Naboo. Anakin krijgt de opdracht om haar te beschermen en tijdens deze missie wordt de jonge Jedi verliefd op Padmé, waarbij hij ook zijn duistere kant ontdekt. Anakin, Padmé en Obi-Wan Kenobi worden meegesleurd in het uit de hand lopende galactische conflict en het begin van de Clone Wars.