Injustice 2 vervolgt het epische cinematische verhaal dat in Injustice - Gods Among Us werd geïntroduceerd. Batman en zijn bondgenoten werken samen om de uiteengevallen samenleving weer te herstellen en strijden tegen degenen die Superman's regime terug willen brengen. Temidden van de chaos verschijnt een nieuwe bedreiging die het voortbestaan van de Aarde in gevaar brengt.

Spelers kunnen gebruik maken van de grootste DC line-up ooit in een vechtgame; van klassieke fan favorieten als Batman, Superman, Supergirl, The Flash, Aquaman, Wonder Woman en Blue Beetle tot verbazingwekkende nieuwe schurken als Atrocitus en Gorilla Grodd en Deadshot. Gevechten vinden plaats in vergrote arena's op iconische locaties als Metropolis, Gotham City en Atlantis.